燕窝代加工厂无菌厂房建设是保障燕窝产品卫生安全的重要措施，具有以下优势和挑战：

优势：

1. 提高产品品质：无菌厂房可以杀灭空气中的细菌和微生物，保证燕窝产品的卫生安全和品质。

2. 符合市场需求：随着消费者对食品安全和卫生的要求越来越高，代加工厂建设无菌厂房可以满足市场需求，提高产品竞争力。

3. 提高工作效率：无菌厂房的设计和设施可以提高工作效率，减少生产过程中的污染和失误，提高生产效率。

挑战：

1. 建设成本高：无菌厂房的建设需要选择符合标准的设备和材料，建设成本较高。

2. 管理难度大：无菌厂房的管理需要严格遵守卫生规范和建设标准，管理难度较大。

3. 维护成本高：无菌厂房需要定期进行清洁消毒和设备维护，维护成本较高。

综上所述，燕窝代加工厂无菌厂房建设具有提高产品品质、符合市场需求和提高工作效率的优势，但建设成本高、管理难度大和维护成本高等挑战也需要代加工厂重视和解决。代加工厂需要在建设无菌厂房时全面考虑这些因素，确保燕窝产品的卫生安全和品质。