燕窝代加工虽然有很多好处，但也面临着许多挑战，以下是几个方面：

1. 品质问题：燕窝代加工可能面临品质问题，因为代加工企业通常需要依靠供应商提供原材料，如果供应商提供的原材料不符合标准，就会影响产品质量。

2. 价格问题：燕窝代加工的价格通常比自主生产要高，因为代加工企业需要承担一定的成本和风险。

3. 市场风险：燕窝代加工可能面临市场风险，因为代加工企业通常需要依赖客户订单，如果客户订单减少或者取消，就会影响企业的发展。

4. 战略问题：燕窝代加工需要制定有效的战略，以应对市场变化和竞争挑战，否则将很难在市场上立足。

总之，燕窝代加工面临着许多挑战，代加工企业需要制定有效的策略和管理措施，以应对这些挑战。